De Honingbij (Apis mellifera) komt de laatste jaren vaak in het nieuws: het gaat slecht met deze bij, en dat is dramatisch voor de bij zelf, en, om wille van het nut van de bestuiving, ook voor de mens: zonder bijen geen fruit, geen groenten – niks meer. Daarnaast is de honingbij de belangrijkste leverancier van verschillende natuurproducten zoals honing, bijenwas, koninginnengelei en propolis. De honingbij wordt door mensen op grote schaal in kunstmatige bijenkorven gehouden, maar de mens draagt, onder meer via het gebruik van insecticiden, een verpletterende verantwoordelijkheid voor de problemen van de bij.
Naast insecticiden dient de bij bovendien eveneens af te rekenen met verschillende parasiterende organismen als bacteriën, kleine mijten en andere insecten. Een aantal parasieten kan, onder de juiste omstandigheden, een nest binnen korte tijd volledig vernietigen.
Rupsen van Grote wasmot (Galleria mellonella) en Kleine wasmot (Achroia grisella) leven van de in de bijenraat opgeslagen voorraden honing en stuifmeel, maar eten ook de larven van de bijen.
De bijenluis (Braula coeca) is een vleugelloze vlieg die in de nesten leeft.
Keversoorten uit het geslacht Aethina, waartoe onder andere de Kleine kastkever (Aethina tumida) behoort zijn in Nederland reeds een ernstige bedreiging voor de imkerij.
De Varroamijt (Varroa destructor) zuigt bloedvloeistof bij de volwassen bijen. De mijt zet haar eitjes af in de cellen bij de opgroeiende larven. De jonge mijt leeft ten koste van de bijenlarve: de bij komt vaak misvormd ter wereld.
Andere parasieten van de honingbij zijn mijten uit het geslacht Acarapis, zoals Acarapis woodii, en verschillende eencelligen zoals de amoebe Maphighamoebe mellifica.
De larven van honingbij kunnen worden aangetast door vuilbroed, dit is een verzamelnaam voor verschillende bacteriën zoals Melissococcus pluton en Paenibacillus larvae.
Parasieten uit het geslacht Nosema behoren tot de Microsporidia en vestigen zich in het spijsverteringsstelsel.
Er zijn ook mysterieuze aandoeningen, waar nog niet veel duidelijkheid over is. Zo komt het steeds vaker voor dat bijen door nog onbekende oorzaken massaal dood worden aangetroffen in het nest. Daarnaast sterft een groeiend percentage van de volken tijdens de winterperiode, onduidelijk is waarom. Soms vertrekken complete volken uit het nest: men weet niet wat de oorzaak is of waar de bijen naartoe vliegen. Deze bijen worden namelijk niet dood gevonden maar verdwijnen naar een onbekende bestemming. Mogelijke oorzaken worden gezocht in de klimaatverandering, pesticiden, bepaalde ziekten of een tekort aan wilde bloemen.
